军机处具有不存定制，军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机处的办事效率很高。军机处对保密规制进行强行规定。
1、不存定制
军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，初仅板屋数间，后来才改建瓦屋。军机章京的值房，最初仅屋一间半、后来才有屋五间。军机处也无专官，军机大臣、军机章京都是以原官兼职，皇帝可以随时令其离开军机处，回本衙门。
2、运行高效
军机处的办事效率很高。根据内阁制度，下属官员有事题奏，或皇帝颁发诏旨，都是经过层层机构，辗转交送，常常要花费很多时间。军机处则不然，一切均由大臣和章京通同办理，皇帝有谕，随时奉诏承办，而且必须当日事当日毕。
3、严格保密
军机处在清代初设阶段，由于无保密制度，时有部院官以启事画稿为名，侦探消息传播街市，目为新闻。造成清廷许多军国要事的严重泄密，其后果是可想而知的。这严酷的教训，使清代军机处不得不对保密规制进行强行规定。
