内部化学反应导致变色：其内部物质在不利的保存条件下氧化，产生了化学反应，氧化后导致变色和产生怪味，这是由于保存不当，因此产生的发霉现象。
微生物污染：冬虫夏草在采摘、运输、储存、销售过程中，容易被微生物污染。加上长期放置，在适当温度下微生物就会繁殖增长，吃掉冬虫夏草的营养，破坏其蛋白质。
酶的分解：冬虫夏草中有多种酶，在不利的保存条件下，酶会将冬虫夏草中的营养分解为低级产物，使冬虫夏草失去原有的营养成分，其功效也大打折扣，所以保存冬虫夏草，一定要防止潮湿、高温或者与微生物接触的环境。
虫草保存方法：最普遍的保存方法则是将冬虫夏草通过干燥处理后，放在通风的环境下即可，避免潮湿，也可以防止变质发霉。另外，冬虫夏草还可以用密封袋包装后保存在冷冻柜里冷冻即可。如果量比较少，还可以用花椒或者丹皮与冬虫夏草同放在密闭的玻璃瓶中进行保存，也方便随取随用。 因为花椒有杀虫除菌的功效，可以帮助保存。如果受潮，应立即拿出来晒干。
