1、生物学科属不同：
鲶鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、鲶形目、鲶科、鲶属、鲶鱼种鱼类。
鲢鱼为动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、鲤形目、鲤亚目、鲤科、鲢亚科、鲢属、鲢种鱼类。
2、生活习性的区别：
鲶鱼生活在中下层，属夜行性动物，为肉食性鱼类，捕食对象多为小型鱼类，以吞食为主，牙齿的作用主要是防止食物逃脱。
鲢鱼属中上层鱼，属于典型的滤食性鱼类，靠腮的特殊结构滤取水中的浮游生物，终生以浮游生物为食，在鱼苗阶段主要吃浮游动物，长达1、5厘米以上时逐渐转为吃浮游植物。
3、外部特的区别：
鲶鱼，没有鱼鳞，它们的表皮赤裸，或者覆盖着骨质的盾片。
鲢鱼体形侧扁，背部青灰色，两侧及腹部白色，头较大，眼睛位置很低，鳞片细小，腹部正中角质棱自胸鳍下方直延达肛门，胸鳍不超过腹鳍基部，各鳍色灰白。
