口袋妖怪心金和魂银的区别在于都是版本限定精灵，这些精灵不能在另一版本获得：
心金：猴怪、火爆猴、卡蒂狗、风速狗、菊石兽、多刺菊石兽、线球、阿利多斯、天蝎、天蝎王、小球飞鱼、巨翅飞鱼、小小象、顿甲、勾魂眼、天秤土偶、念力土偶、太古雨蝎、太古盔甲、拉帝亚斯、海皇牙；
银魂：六尾、九尾、喵喵、猫老大、化石盔、镰刀盔、芭瓢虫、安瓢虫、信使鸟、盔甲鸟、熊宝宝、圈圈熊、大嘴娃、溶食兽、吞食兽、触手百合、摇篮百合、拉帝欧斯、古拉顿。
