银杏果中含有少量银杏酸、银杏酚和银杏醇等有毒物质，生吃会有中毒反应。建议最好不要直接用手接触银杏果，因为银杏果外边一层果肉状的为外种皮，外种皮内含银杏毒素，当果实落下时果肉破裂，用手直接接触，有可能引起过敏、中毒的情况。一般儿童连吃20颗左右或者成人连吃50颗左右就会有中毒的危险。能预防白果中毒的方法就是将其煮熟后再食用，不过煮过的白果毒素仍未完全受到破坏，所以不宜吃得太多。用银杏叶片泡水喝，也是有一定危险的。银杏叶中有一种成分银杏酸，如果用的剂量过大，或者服用时间比较长，会损害心脏。
