《水经注》对于中国地理学的发展做出了重要贡献，在中国和世界地理学史上有重要地位。《水经注》中山川景物的描写，还被作为文学作品受到后人高度评价。书中的缺点也有：他因为是北朝人，所以南方水系的记录有些简单，其中还有些差错。 当然，如此宏富的巨作，受到当时时代和条件的限制，难免存在不少错误。唐代杜佑在《通典》中即已明确指出其黄河河源问题上的纰缪”。另外由于他不可能到边远地区和南方进行实地调查，这方面错误也较多些。有些地方的引书也不尽可信等等，但这些并不损害全书价值。《水经注》原有40卷，宋初已缺5卷，后人将其所余35卷，重新编定成40卷。由于迭经传抄翻刻，错简夺伪十分严重，有些章节甚至难以辨读。明清时不少学者为研究《水经注》做了大量工作，有的订正了经注混淆500余处，使经注基本恢复了原来面貌。有的做了不少辑佚工作，更多的是做了校勘注疏工作，清末著名学者杨守敬与其弟子熊会贞用了毕生精力撰写了《水经注疏》和编绘了古今对照、朱墨套印的《水经注图》，江苏古籍出版社出版了有段熙仲点校、陈桥驿复校的《水经注疏》，为今后研究利用《水经注》提供了方便。
