真核细胞内蛋白质的降解途径主要有三种：溶酶体途径、泛素化途径和胱天蛋白酶途径。
溶酶体途径：蛋白质在同酶体的酸性环境中被相应的酶降解，然后通过溶酶体膜的载体蛋白运送至细胞液，补充胞液代谢库；泛素化蛋白水解酶途径：一种特异性降解蛋白的重要途径，参与机体多种代谢活动，主要降解细胞周期蛋白、纺锤体相关蛋白、细胞表面受体如表皮生长因子受体，应激条件下胞内变性蛋白及异常蛋白也是通过该途径降解；胱天蛋白酶途径：细胞凋亡的蛋白质降解途径。细胞凋亡中被降解的蛋白质有：DNA损伤修复酶、核纤层蛋白、肌动蛋白和胞衬蛋白等，这些酶及蛋白的降解导致细胞形成凋亡小体，最终被吞噬细胞吞噬消化。
