清洗空气能热水器的水垢需要往空气能热水器水箱内加注一些弱碱性水溶液，靠弱碱性溶液和水垢进行一定的反应来除去水垢。除水垢后要从热水器水箱的排污口排污，平时使用热水器过程中尽可能把热水设定温度降低，可以减缓热水器水箱内结垢的速度。
空气能热水器水箱长期频繁使用，会有大量的杂质、细菌、微生物沉淀在水箱内，久而久之形成难以清除的水垢，不仅影响制热效率，而且腐蚀水箱，这将缩短空气能热水器的使用寿命。所以为了抑制水垢生长，用户至少每半年清洗一次水箱，清理水垢，并及时更换镁棒。
