袁黄初名表，字坤仪，初号学海，后改号了凡。袁黄是浙江嘉善人，据日本学者酒井忠夫考证，袁家祖居嘉兴陶庄，元末时家境富足。明初，因燕王朱棣夺取皇位，发生“靖难之役”，袁家因与反对燕王的人有交往，而受到牵连被抄家。
袁黄的曾祖的父亲幸免于被捕，开始四处奔走逃亡，后定居于江苏吴江。袁黄少时聪颖敏悟，卓有异才，对天文、术数、水利、兵书、政事、医药等无不研究，补诸生。明嘉靖四十四年知县辟书院，令高材生从其受业。万历五年会试，因策论违主试官意而落第。
