天窗的密封是橡胶密封圈密封，在使用过程中要注意密封圈的防尘，尤其是在冬季或者经历过远途之后，一定要经常用除尘掸进行清洁。另外一定要注意不能再天窗有冰冻的情况下强行开启天窗，这样会损坏到天窗的电机。在风沙较大的季节，需每隔两个月用是海绵清洁密封圈。在洗车的过程中，避免用高压水枪将水柱直接对准密封圈。这样不仅容易使密封圈在高压水柱的压力下变形而使车内进水，也会在极大程度上损坏密封圈。
如果排水孔有堵塞的话，可以通过注射器配合导管注射的方法进行清理，通过导管插入天窗排水口内，快速的将针筒内的清水注射进软管，反复几次即可完成清理；也可以使用铁丝等硬物来疏通，但要注意不要划伤周围的橡胶条，否则得不偿失。
