巧克力存放时间过长，就像油变得酸败了一样，会导致过氧化值增高。过氧化值是反映食品中油脂氧化程度的指标，一旦超标会直接影响食品的品质，而如果出现了这种情况，往往要通过专业仪器设备才能检测出来，普通人从外表很难加以判断。食用过氧化值超标的巧克力对人体会产生较大危害，比如导致肠胃不适、腹泻并损害肝脏等。
一般来说，普通巧克力的保存期限为一年左右，但随着内容物的不同，时间会有所增减。尤其是添加鲜奶、榛果类的巧克力产品，由于其中的不饱和酸含量高，果仁等很容易被空气氧化，也就相对缩短了巧克力的保存时间。所以，鲜奶或果仁巧克力更要注意保存，否则容易变质。
