1、身世区别。圣女果是从台湾引进的，对于生长环境要求不高，所以很多的地方都能种植，产量也比较大，从每年的7-8月只来年的2月份都能吃到口味纯正的圣女果。而千禧果是从圣女果优选品种中培育出的新品种，产地主要在海南和广西、广东地区，它的上市时间一般在每年的年底到开春。
2、外观区别。圣女果又称小西红柿、小番茄果、樱桃番茄等，是西红柿品种之一，它的外观玲珑可爱，果型偏长，色泽偏黄。而千禧果的果型是圆圆的，个头也要比圣女果要小一号，色泽艳丽，呈深红色，特征比较明显。
3、口味区别。圣女果的味道和西红柿的差不多，但是含糖量比西红柿高一些，所以味道有点偏酸，品质好的甜度较高。而千禧果是从圣女果中选育出的，所以它的甜度比圣女果更高，吃起来想水果一样，口感也要比圣女果要好些。
4、价格区别。圣女果的产量较低，种植面积较广，所以在市场上比较常见，一般2-3元一斤，而千禧果圣女果口感更佳，水分更足，所以价格也会偏贵，正常而言千禧果的价格是圣女果的3倍，遇特殊季节还会更高。
5、区分方法。圣女果一般颜色是比较发黄的，而千禧果的颜色是偏红且十分鲜艳的，其次圣女果体型一般是偏狭长的，尾部比较尖，而千禧果是比较圆的。和圣女果对比，千禧果的皮更薄，果肉较软，水分更租，千禧果的特点就是品质口感更好。
