完整的柠檬在常温下可以保存一个月左右。柠檬在氧气浓度低于3％、二氧化碳浓度高于10％的条件下贮藏一段时间，会对风味产生不良的影响。10％以上的二氧化碳可增加柠檬的腐烂和减少酸味。氧气低于5％可引起柠檬变味。
把剩余的柠檬用保鲜纸包好放进冰箱，这是最简单又最容易的方法。就算怎样保存，柠檬始终会不比新鲜的好。倒不如把剩余的柠檬放在房间或某个角落，不但可以不浪费，还可以使空气便得清馨。如果想储存更久些，把切片后的柠檬放入密封容器，加入蜂蜜浸渍入冰箱就可以保存一个月。
用淡盐水侵泡一下在用保鲜膜包一下就可以了，如果放在保鲜室的话可以放一个月，另外还可以将2~3斤柠檬鲜果裸置于冰箱或居室内，对清除冰箱或居室中异味可起较好的作用；切片吃不完的可以放于泡菜坛中，可以除白，使泡菜清脆爽口。
