患上球虫病之后需要选择合适的药物进行治疗，常见的药物磺胺类药物，例如磺胺二甲嘧啶、磺胺间甲氧嘧腚、磺胺喹啉等，可以抑制球虫的发展。磺胺二甲嘧啶每千克体重0.1克，内服，每天一次，连用3～7天。如配合使用酞酰磺胺噻唑，每千克体重0.18克内服，效果更好。另外也可以选择林可霉素，每天每头牛1克，混入饮水中饮用，连用21天。对于病情严重者要考虑输血，并结合应用止泻、强心和补液等对症疗法。
