1、科学假说是科学性和猜测性的统一，其内容有一定的科学依据，但却没有经过试验来验证，而科学理论是经过实践检验并已经显示出自身理论正确性的理论，客观真理性是科学理论的根本特性。科学假说只有经过实践的检验才能上升到理论的高度 。
2、科学假说和科学理论是理论发展的不同阶段。理论的发展要经过想象力，再到科学假说，再到科学理论，而且要经过实践的反复检验才能确定一种理论的最终确定性。
3、科学假说，由于其“假说”性质的决定，可以存在对于同一种事物或事件的多方面的性质不同的假说。而科学理论，对于同一种事物或现象的解释，只能是唯一的。即使针对一种事物的一种假说，也会随时间过程中的新发现而变化，而科学理论具有系统性，是按系统性原则组成的知识体系。
4、根据科学理论和科学假说各自的特性，他们之间的界限表现为理论的经验基础相对假说而言更为充分，理论的内容和形式相对假说而言更为完整。
