在中国除青藏高原外，全国各地河川、沟渠、水田、池塘、湖泊及水库等天然淡水水域中均有分布，尤其在长江和珠江流域中下游分布极广，在中国的西部（由东往西流向，全国就只有两条这样的河流）的伊犁河里的种群也在不断的扩大，该条河流与哈萨克斯坦名湖巴尔喀什湖相同。在赣江的支流袁河流域，江西萍乡等地，泥鳅喜欢栖息于静水的底层，常出没于湖泊、池塘、沟渠和水田底部富有植物碎屑的淤泥表层，对环境适应力强。
