军婚分居两年不能自动离婚。法律上没有自动离婚的说法。
【法律依据】
《婚姻法》第三十二条第二款：人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
(一)重婚或有配偶者与他人同居的；
(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的。
因此除非军人自身同意离婚，否则如果军人的配偶想要离婚的，必须要军人有赌博、重婚等重大过错，分居两年是不适用军人离婚的规定的。
