1、股东出资义务及对应的风险。根据《公司法》以及其他相关法律法规，股东的主要责任为向公司履行出资义务。如信托公司作为目标公司股东按照认缴出资进行实缴，则信托公司仅以出资额对目标公司债务承担有限责任。若公司出现经济纠纷或者亏损、破产等情况，从法律角度讲，信托公司作为股东无需承担补足性的法律责任，即可能会全是信托本金，但不涉及其他财产。
2、目标公司经营经营管理责任及对应的风险。根据法律法规，股东须承担除了出资额以外责任的情况主要有以下几点：
3、股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的。
4、股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任。逃避债务，严重损害公司债权人利益的。
5、公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员利用其关联关系损害公司利益的。基于以上规定，如果信托公司作为投资目标公司的控股股东或委派董事监高人员，如果公司出现以上情况则信托公司可能将承担除了出资额以外的经济赔偿责任。而股权代持情况下，信托公司及委派人员没有客观条件和主观动机去违反法律法规及公司章程以侵害公司、其他股东及债权人利益，所以也较难出现信托公司要承担除出资外的连带赔偿责任情况。
6、刑事责任风险。根据《刑法》中关于单位犯罪的规定，若信托公司所投资的目标公司在经营过程中存在单位犯罪情形的，参与该单位犯罪的主体需要承担相应的法律责任，在此过程中，作为目标公司的法定代表人、财务负责人或者具体的经营管理者都可能会牵涉其中。与前述管理责任类似，信托公司信托持股情况下，较难具备股东承担刑事责任的构成要件。
7、声誉风险、政策风险。在股权代持项目中，信托公司作为名义股东，若项目公司在实际经营过程中出现资不抵债、法律纠纷等事宜时，届时社会媒体、舆论等可能会扩大对信托公司的负面影响，给其造成的声誉损失难以避免。作为信托公司，声誉风险带来的隐形损失难以估计。另外，政府机关机也可能因维稳等目标，要求信托公司履行一定法律外义务，给其造成损失。声誉风险、政策风险是信托公司股权代持业务不可预见的、最大的风险。信托持股之所以会被采用，主要还是源于其保密性和法律限制性等，对于其信托对象可以是公司，可以是个人，而对信托持股问题的处理，可以解决相关潜在的纠纷，这也是减小信托持股风险的一种手段。
