孔雀鱼在幼鱼时期无法分别性别，要将进1、5个月的鱼才比较容易分辨公母。雄雌主要分别在於雄鱼的臀鳍呈棒状，雌鱼的臀鳍呈扇形。雄鱼体积一般均较雌鱼小，一般来说公鱼先发色，雄性所表现出来的体色较雌性鲜艳夺目许多。看肚子后部：小母鱼可见肚子里面的颜色（大母鱼“胎斑”的雏形），小公鱼则是白肚皮包着，基本看不到里面颜色。
