哈尔滨工程大学有以下优秀的专业：
1、船舶专业，是哈尔滨工程大学的传统优势专业，学科实力雄厚，承担和参与了大多数现役的海军各类水面舰船、常规潜艇、核潜艇、水中兵器等武器装备的研制，是我国发展海洋高技术的一支重要力量。学校还设有专业的船舶博物馆等。
2、核工程与核技术专业，设有核动力装置、核动力装置测试与控制两个培养方向。课程设置体现了以培养船用核动力设计和研究人才为主，兼顾核电站和常规电站运行人员的培养方针，拓宽了学生毕业以后的就业路径。
3、动力与能源工程专业，
