黄兴与孙中山的决裂缘于二人为选用民国国旗而起的争执。 据《章太炎自定年谱》和冯自由《革命逸史》记载，1906年，同盟会集会研究革命方略，并讨论日后所用的中华民国国旗。孙中山主张用陆皓东设计的青天白日旗。但黄兴却对此持反对意见，他觉得青天白日旗设计不美，而且和日本太阳旗又相近似。孙中山稍稍作了让步，提出旗子可改作红蓝白三色，这样既符合自由、平等、博爱的真义，又增添美观。不料黄兴还是不予接受。 第一次“倒孙”事件发生于1907年3月4日，当时章太炎、张继、陶成章等人就潮州、惠州等地起义失败和孙中山分配赠款一事，要求罢免孙中山同盟会总理职务，改选黄兴为总理。 黄兴则决然 第拒绝。二次“倒孙”事件发生在1909年秋天，同盟会会员陶成章和李燮和等人代表七省同志在南洋起草了所谓的《孙文罪状》，要求开会改选同盟会总理。黄兴竭力抵制，还写信为孙中山辩解，并亲临南洋平息那里的反孙情绪。
