真的石花菜颜色有紫红、深红或绛紫色，在受多光的海区生长的往往呈淡黄色。新鲜的石花菜藻体色泽十分鲜艳。石花菜藻体直立丛生，羽状分枝，互生或对生，枝呈扁平或亚柱形。藻体分枝很多，主枝生侧枝，侧枝上生小枝，各种分枝的末端尖形。整个藻体上部分枝较密，下部分枝较稀疏。石花菜藻体的基本构造可分为两部分，即皮层和髓部。髓部由数十条平行纵列的长圆柱状细胞所构成。皮层最外面一层细胞排列紧密，表面被有厚膜，细胞内有色素体，是进行光合作用的场所。石花菜生长属于顶端生长，它的每一个分枝的顶端都有一个顶端细胞，由此进行多次分裂。
