1、风味区别：香肠有特殊的烟熏风味，是由于其有烟熏烘干的工艺，火腿肠则没有。
2、加工工艺区别：火腿肠属于高温肉制品，是经过121摄氏度高温蒸煮的包装肉制产品，保质期长；而香肠则属于低温肉制品，是采用较低的杀菌温度进行巴氏杀菌的肉制品，一般是68-72度的温度。
火腿肠：
如果把香肠当作火腿肠的祖先，那么它的历史有几千年了。据说，在荷马史诗里就有了香肠的记载。不过，我们吃到的火腿肠跟香肠的差别已经很大了。他们原料基本相同，但是加工过程相差甚远，因而口感味道也就相当不同了。在食品工程里，火腿肠是一种被称为乳化肉的体系。它的关键是把脂肪打成细小的颗粒，然后均匀分布在整个肠内。所以，单凭肉眼，几乎无法分辨出它里面的脂肪。通俗说是肥肉，是多是少。为了让这些脂肪均匀分散，就要把瘦肉中的蛋白质提取出来，作为乳化剂去稳定磨碎的脂肪颗粒。蛋白质的提取不是件容易的事情，通常把瘦肉打成肉酱，在很高的盐浓度才能提取出较多的蛋白质。所以，火腿肠总是很咸，这是无法避免的问题。提取到水中的蛋白质一部分吸附到脂肪颗粒的表面，用来防止脂肪颗粒重新融合，其它的则保留在水中，在加热的时候互相交联，形成一种互相连接的的网状结构。没有溶解到水中的纤维组织以及蛋白网状结构把脂肪颗粒固定下来，就形成了火腿肠特有的质感。火腿肠的口感，就取决于这种胶状结构的强度。
