工程院院士都是技术实践型人才，与民众的生活更为贴近。而科学院院士是在科学技术领域作出系统的、创造性成就的人才，比较重理论和科研，通常会有较大、较多的理论突破。
科学院在各地都有分院，研究特定的方向和领域，自己也有大学；而工程院更像一个俱乐部性质，管理分散在全国各地、各个不同单位的工程院院士。
