1、盖板不适用所有座便器。虽然座便器盖集智能、人性化、科技感、设计感于一身，但并不是所有的座便器都适用。目前主流智能座便器盖产品均面向圆弧形座便器，而与方形座便器配套的盖板比较罕见。其次，智能座便器盖对水箱到便座前端距离、安装孔间距离等具有限制，如果消费者家用的尺寸超出了所允许的区间范围，则无法顺利安装智能座便器盖，这意味着要么更换座便器、要么无法使用。
2、费用高。智能座便器盖作为电器产品，其内部电机和集成电路等具有较高的科技含量，因此前期一次性投入成本较高，出售价格相对较高。另外超出了保修期限的智能座便器盖，一旦出现问题则意味着消费者要自费进行修理，如果产品需要更换核心部件，也意味着一笔不菲的支出。
3、老人、儿童难操作。智能座便器盖的一侧往往配有一个按钮繁多的操作面板，或是配有一支按钮更为繁多的遥控器。这就无疑为老人、儿童增加了操作难度。如果误操作，也许无法顺利达到喷水、加热、除臭等效果，甚至还可能造成产品本身电路故障。
不过智能马桶一般都会有自洁功能，在每次使用完成后，会自动清除马桶上的污垢，这是非常好的优点。
